Wyspę wigierską zamieszkiwały plemiona bałtyjskach Jaćwingów, rozbite w II połowie XIII w przez Krzyżaków. Już w XI wieku tereny obecnej diecezji ełckiej objął swym misjonarskim posłannictwem św. Brunon z Kwerfurtu (+1009).
Na ponad dwa wieki przed przybyciem Kamedułów na Wigry Król Władysław Jagiełło miał natknąć się tutaj podczas łowów na pustelnię. Widomość o niej dotarła do Krakowa. Stamtąd dowiedzieli się niej Kameduli. Przybyli do Polski (1603) i za zgodą króla osiedlili się w tym miejscu – w 1668 roku.
Erem Wyspy Wigierskiej (Eremus Insulae Vigrensis ) – tak został określony klasztor kamedulski w przywileju z dnia 6 stycznia 1667r. W 1715 r. Kameduli założyli miasto Suwałki. Zakładali też wsie i folwarki, budowali drogi.
Po III rozbiorze Polski, w 1796 roku władze zaborczych Prus skonfiskowały dobra Kamedułów, a w 1800 r. usunięto ich z Wigier. Klasztor wigierski zaczął podupadać. Duże zniszczenia poczyniły wojska niemieckie podczas I wojny światowej. W 1915 r. w wyniku ostrzału artyleryjskiego poważnemu uszkodzeniu uległ Kościół, Dom Furtiana oraz Refektarz.
W okresie II Rzeczypospolitej rozpoczęła się odbudowa i trwała do wybuchu II Wojny Światowej.
W 1973 Ministerstwo Kultury i Sztuki wydzierżawiło od Kościała kompleks na 50 lat zobowiązując się do jego odbudowy i remontu. Jednak zważywszy na wysokie koszty utrzymania z dniem 9.12.2010 roku wypowiedziało umowę skracając ją o 12 lat.
W odpowiedzi na to Biskup Ełcki, Bp Jerzy Mazur powołał Wigierski Areopag Nowej Ewangelizacji (WANE), który swoją działalność rozpoczęło dnia 1 maja 2011 r, oraz Fundację Wigry Pro, która swoją działalność rozpoczęła z dniem 1 stycznia 2016 r.
W 1999 r. diecezja ełcka, a w szczególności Wigry, miały zaszczyt gościć od 8 do 10 czerwca tego największego z Rodu Polaków – Papieża św. Jana Pawła II.
